合理有效的人力资源管理机构是企业发展的重要基础。但是受iso认证企业自身规模、资金、发展潜力等各种因素的制约，很多民营企业的人力资源管理机构不健全、不规范。有的iso认证企业甚至没有设置专门的人力资源管理机构，其职能大多由总经理办公室或行政后勤部门兼任。一些家族式特点浓厚的iso认证企业根本没有专门的人力资源管理者，企业的招人、用人、选人等人力资源管理工作都是老板一人说了算；而大多设置了“人力资源部”的企业是将“办公室”“综合科”改了名，没有履行贯穿企业管理全过程的人力资源职能，iso认证企业的招聘、绩效考核、培训等基本的人力资源管理环节根本不正规。部分民营企业将利润放在第一位，为了追求短期利润而忽视了iso认证企业组织的完善和发展，企业内部各职能部门的职能极其混乱、职责不清。特别是人事部的人力资源管理功能形同虚设，比如一些iso认证企业的人事部只是负责招人，而招到人以后的更为重要的工作则不管不问（比如说将招聘到的人安排在什么工作岗位上、提供什么样的薪酬和福利，等等）。由于缺少人力资源管理方面的人才和专门的人力资源管理体系，很多iso认证企业存在虽然招到了人但留不住人或大材小用的现象。
这样，iso认证企业员工自然很难有个人的成就感和对企业的归属感。很多新进员工工作之后极为失落，工作效率低下，甚至工作时间不长就跳槽，严重影响了企业的长远发展。
