生产过程的管理上，fsc森林认证标准要求能够严格区分认证原料及其加工流程，以监控形成认证产品。标准要求从三种方面实现这一点在认证审核中，审核员主要开展活动是查验经营企业是否按要求落实，具体包括：
（1）原料存放上，是否与非认证原料分别存放，存放现地是否有相关的标识，是否分别加以详细的记录。
（2）在生产加工流程上，是否按时间（或生产台班）或按生产线进行了物理性隔离，包括是否有详细的记录。
（3）在产品销售上，是否有进行明确的区分，是否有详细记录。
在查验过程中，区分方式可能多种多样，主要是看是否有效，尤其是要看经营企业是否对几个主要步骤加以控制，能分清各个阶段认证原料的流向，是否有非认证原料混入到生产过程中，通过分析得到是否符合要求。
