在委托研发项目的执行过程中，许多研发公司都会碰到这样或那样的问题。台湾学者邓成连教授曾对一些专业研发公司进行了调查，并对其在研发执行过程中发生的一些问题按重要程度进行了排序。
排在前几位的问题依次为：研发目标不明确；研发资料提供不足；客户不尊重研发的专业判断；以及沟通有困难。从这些问题发生的原因来看，其根本在于研发组织与客户之间缺乏必要的交流所致。此外，对研发管理意识的淡薄或研发管理不规范也是导致发生这些问题的另一重要原因。
要克服上述在研发执行过程中所面临的问题，首先要加强对委托研发的管理工作。如认真制订研发规划书、合理安排和调配研发资源，在研发的品质、成本和日程等方面进行严格的控制等等。
其次，研发组织要加强与客户之间的交流合作意识。目前，一些研发组织常常把自身与客户之间看成纯粹是一种被委托与委托之间的关系，而没有意识到，一个成功的委托研发必须是双方共同协作的结果。
在研发组织与客户之间协作的过程中，必须加强和重视双方在研发过程中的交流作用。例如，在研发项目的确立，明确研发要求和制订研发规划书等前期工作中，客户方面的有关管理人员、市场人员和技术、生产制造人员等应积极参与，配合研发公司做好上述工作。此外，客户方面还应尽可能地向研发公司提供必要的市场信息、研发背景、技术要求等有关研发资料，以满足研发项目的顺利开展。在研发项目的执行过程中，客户方的有关技术人员也应定期参与研发公司在研发各阶段的研发评估活动。
为了能及时了解研发组织对研发项目运作实态和及时发现有可能出现的问题，在研发项目确立后，客户方面最好能指派一名固定的联络人员，以长期保持与研发组织的沟通。
