该原则标准条款8~9和条款11要求了森林经营单位有效保护森林资源，包括两个方面，一是天然林资源的保护与更新，二是森林资源的节约利用形式。这种的保护，应区别于传统上的森林保护，即防火、防有害生物危害等，也应区别于其他认证体系如FSC、SFI、CSA等的森林保护，它们体系中主要是指非法采伐。
在认证审核中，审核员主要开展活动是：
（1）检查天然林资源状况，通过查看和比较多次森林资源调查成果，可以获得天然林面积状况
（2）检查天然林资源的经营策略，是否有相关的保护措施规定，是否有天然林改造的记录，尤其是对于天然林转化为人工林、天然林林地转化为非林地利用的情况，有无充足理由，此外，还要考查是否有人工林近自然化经营的规定措施，
（3）野外现地考察天然林、人工林经营情况，了解是否保护措施在有效落实。
（4）检查fsc森林经营作业措施的规定，是否规定采取环境影响小的方式，如采伐作业废弃物、生活垃圾的处理规定，化肥农药、除草剂使用规定等
（5）野外现地考察fsc森林经营作业方式，是否落实作业措施的规定，检查林区环境卫生、废弃物处理情况，尤其是木材资源的利用上是否节约利用，包括伐桩高度是否符合要求（如超过10厘米的比例应低于15%），造材是否符合造林规定，尽可能减少了丢弃木材（丢弃材、集材道垫材等，不超过0.1立方米/公顷）等。
（6）检查巡山护林人员相关记录，核查是否有定期巡视山场，是否采取有效措施降低森林案件的发生，是否积极保护森林资源。
（？）检查林区内的基础设施，尤其是林地内由经营单位自建的基础设施，是否能最大限度地减少对环境的负面影响，如林道、集体道、排水设施等。此外，这里“林地用途的转化”，包括了通常行政上所述的转化，即多数情况下是指林地转化为非林地，也包括了林分起源上的转化，即天然林向人工林的转化。
关于“天然林”，也应注意分类。我国认为，依靠自然能力形成的森林即为天然林，包括自然形成与人工促进天然更新或萌生所形成的森林：而根据经营程度的不同，又分为原始林、次生林：天然林资源数量是动态的，可以采取人促天然更新方式的增加天然林资源。
