申报科技型中小企业技术创新基金与国家自然科学基金不同，后者的工作基础与研究能力多由论文来体现，论文很容易检索到，而科技型中小企业技术创新基金大多由同行评审故申报科技型中小企业技术创新基金应尽量提交重要的证明，并附技术查新报告。
从某种意义而言，各类基金(包括科技型中小企业技术创新基金和国家自然科学基金) 也是一种政府采购项目。使用了财政资金，但标的物不确定，可由申报者自由选题。申报科技型中小企业技术创新基金时，正文部分的研究意义要明确 (项目的重要性必要性、紧迫性)，创新性、先进性要突出，研究内容、方案要合理可行 (最好要有技术路线图)，开发模式、效益分析要合理、恰当，研发团队和管理模式要优化、科学;附件部分除必须提供的材料(如营业执照、税务登记的复印件，有的还要求提交审计报告) 外，还应提交主要的证明材料，如资格证书、获奖证书、专利授权的复印件(若尚处在公示期而未获专利授权，则只需列出专利申请号)。拟利用他人专利的，应附上专利所有人的许可函。
