1.中小型科技开发公司
这类企业占多数，以民营为主，多由一些掌握专有技术的科技人才领头创办。其内部组织结构和管理模式多为直线指挥式的，沿用科研优势、科技成果商品化过程长，发展较缓慢。其中一些优秀企业如亚洲仿真、深圳华为等，在较短时期内迅速发展为颇具规模的股份制高科技公司，其内部组织结构也采取事业部制等先进的管理模式。
2.生产型高新技术企业
由国有、集体、乡镇等不同经济类型的生产厂家在产品结构上进行调整，以发展高新技术，经省级科技行政部门认定为高新技术企业。在内部组织结构方面基本沿袭原有体制，多为直线制、直线参谋制或直线职能参谋制，仍保留计划经济体制下的一些管理方式，缺乏竞争性。
3，以高校为中心的高新技术企业如北大“方正”、西安交大“开元”等由独家高校创办的高新技术集团，也有像天津市高校开发集团这样的联合而成的集团公司。在组织结构上，以项目管理为核心的居多。高校科技实力雄厚，有条件成为高新技术企业的孵化器，但在组织结构方面还有待完善。
4，以科研机构为中心的高新技术企业多以国家科研院所为依托而建立。如北京的“联想”集团公司就是以中国科学院计算机研究所为主而组建的集团公司。也有在地方科研所的基础上发展起来的，如：汕头超声仪器研究所由一个科研单位发展成为产值超亿元、出口量居全国同行业第一位的科技先导型高新技术企业。这类公司多数沿袭了计划经济体制下的科技管理体制和组织结构。
