高新技术企业组织应具备现代企业对组织必须符合的功能、效率、稳定性、适应性、激励性、协调性等基本要求；遵循统一领导、分级管理，统一指挥、权力制衡，适度分工、强化协作，精简效率、有效跨度，责任与权力相随以及人事与组织相协调等基本原则。
高新技术企业面对知识经济的挑战，面临着世界加速一体化，世界科技、经济高速发展和激烈竞争的新形势，企业必须不断调整自身的结构结构，增强对市场多种复杂因素影响及环境变化的适应能力，才能使企业自身得以生存和发展，并保持相对稳定，乃至扩大市场份额。因此，高新技术企业组织创新，已成为企业领导人员关注的重要问题；高新技术企业组织创新，是高新技术企业管理创新的重要内容和途径。高新技术企业组织创新应遵循以下原则：
1.战略决定组织
组织设计要以企业战略目标为出发点，并为实现战略目标提供组织保证。企业的规模和结构、机构的设置、责权的分配、组织手段的运用，都要有利于发展战略的实施，都要以企业发展战略、目标和任务性质为转移。如：企业面临发展机遇，要开拓新的事业，组织就应增设相应的事业部或其他机构；一旦市场不景气，就必须压缩编制，精简机构。
2.与技术创新相适应
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组织形式与组织结构必须适应技术创新的要求而不断变革与创新。组织创新又以组织良好的绩效和高效率来推动技术创新。组织创新能加快新技术的产生和应用速度，提高技术创新的质量，清除旧组织对新技术的应用和推广而形成的障碍，为技术创新创造良好的前提。
3.小型化
为使企业组织充满活力，必须保持组织结构小型化，使决策尽可能分散化，将大公司尽可能地分散为若干个小的相对独立的公司、分公司或部门，使组织充满活力，更能适应外部环境和市场的急剧变化；小型组织有利于明确权责，调动员工的积极性和创造性；其结构机动灵活，有利于吸收并创造新技术。现代发达国家的企业，从过去高度集权的职能式结构，向分权化的事业部制结构方向转变，是小型化的明显例证。
4.扁平化
现代企业特别是高新技术企业，要求尽量压缩中间层次，形成扁平化结构。日本丰田公司从董事长到一线管理人员仅有5个层次。组织扁平化使日本企业具有很强的市场适应能力。
5.弹性化
现代科技的高速发展，导致产品不断更新，新产品不断更迭，产品寿命周期缩短，要求企业不断调整自身的发展策略，以适应市场竞争的需要。这就必然引起组织结构的相应改革和调整。脱离刻板的一成不变的传统组织结构，而趋向于动态灵活的弹性结构，已成为现代企业组织创新的新趋势。
