影响薪酬设计与管理的内部因素也很多，主要有以下几种：
1.企业的发展阶段
企业的发展阶段不同，企业的战略也不同，企业的赢利能力也不同，因此，企业的薪酬也会受到影响。例如：企业在启动阶段，往往采用低工资、高奖金、低福利的薪酬政策；企业在稳定阶段，往往采用高工资、低奖励、高福利的薪酬政策。
2.企业的文化
企业的文化与企业的价值观紧密相连，因此影响报酬系统。
例如：有的企业推崇个人英雄主义，因此薪酬差别很大；有的企业提倡集体主义，因此薪酬差别较小；有的企业鼓吹冒险性，因此，工资很高，福利较差；有的企业提倡安全性，因此，工资较低、但福利较好。
3.员工的学历
一般来说，员工的学历较高时，工资也较高，主要因为学历越高，员工自身的投资也越大。
4.员工的工龄
一般来说，员工的工龄越长，工资也越高，福利也越好，主要因为工龄长意味着对企业的贡献多。
5.员工的能力
员工的能力主要从绩效中反应出来，因此，员工的能力越强，员工绩效也越好，其薪酬也应该越高。
6.工种
工种与企业内部的人力资源市场有关，不同工种，其薪酬也是不同的。例如：推销员往往工资低，但奖金高；财务经理往往工资高，但奖金低；工人可能是计件工资；秘书则常常是固定工资。
7.工会
企业中的工会一项主要工作是保护工人的权益。因此工会的强弱也影响薪酬，因为薪酬毕竟是工人的主要利益之一。
