高新技术企业的无尘无菌车间按用途可分为工业无尘无菌车间和生物无尘无菌车间。
（1）工业无尘无菌车间。工业无尘无菌车间是以无生命微粒为控制对象，主要控制无生命微粒对工作对象的污染，其内部一般保持正压，因此这种车间往往被称为无尘车间。它适用于精密工业（精密轴承等）、电子工业（集成电路等）、宇航工业（高可靠性）、化学工业（高纯度）、原子能工业（高纯度、高精度、防污染）、印刷工业（制版、油墨、防污染）和照相工业（胶片制版）等部门。
（2）生物无尘无菌车间。生物无尘无菌车间是以有生命微粒为对象控制，当然也包括对无生命微粒的控制。这种车间又可分为：
①一般生物无尘无菌车间，主要控制有生命微粒对工作对象的污染，同时其内部材料要能经受各种灭菌剂侵蚀，内部一般保持正压。实质上这是一种结构和材料允许做灭菌处理的工业洁净，可用于食品工业（防止变质、生霉）、制药工业（高纯度、无菌制剂）等。
②生物学安全无尘无菌车间，主要控制工作对象的有生命微粒对外界和人的污染，内部保持负压，用于研究实验设施（细菌学生物学洁净实验室）和生物工程（重组基因、疫苗制备）。工业无尘无菌车间和生物无尘无菌车间都要应用清除空气中微粒的原理，因此本质上它们是一样的。略微不同的是，对于附着于表面上的微粒，工业无尘无菌车间一般用擦净的办法就可以大大减少表面上的微粒数量，而生物无尘无菌车间因为是针对有生命微粒，而一般的擦洗可能给有生命微粒带来水分和营养，因而更能促进其繁殖，增长其数量。因此，对生物无尘无菌车间来说，必须用表面消毒的办法（用消毒液擦拭）来取代一般的擦拭。
按气流流型分类，可分为单向流无尘无菌车间、非单向流无尘无菌车间、辐流无尘无菌车间以及混合流无尘无菌车间。
（1）单向流无尘无菌车间。在整个无尘无菌车间工作区（一般定义为距地1.5~0.7mm的空间）的横截面上通过的气流为单向流。
单向流，就是流向单一、速度均匀、没有涡流的气流流动。
过去也曾称为层流。
（2）非单向流无尘无菌车间《也称乱流无尘无菌车间）。在整个无尘无菌车间工作区的横截面上通过的气流为非单向流。非单向流（乱流），就是方向多变、速度不均、伴有涡流的气流流动，习惯称乱流。
（3）辐流无尘无菌车间。在整个无尘无菌车间的纵断面上通过的气流为辐流。
辐流，就是风口出流为辐射状不交叉的气流流动。辐流也被称为矢流、径流。
（4）混合流无尘无菌车间。在整个无尘无菌车间内既有乱流又有单向流。
混合流，就是同时独立存在乱流和单向流两种不应互扰的气流流动的总称。
混合流不是一种独立的气流流型。
