高新技术企业的风险一般分为经营风险（商业风险）和财务风险（筹资风险）两类。
经营风险是指生产经营的不确定性带来的风险，它是任何商业活动都有的，也叫商业风险。经营风险主要来自以下几方面：
（1）市场销售：市场需求、市场价格、企业可能生产数量等不确定，尤其是竞争使供产销不稳定，加大了风险。
（2）生产成本：原料的供应和价格，工人和机器的生产率，工人的工资和奖金，都是不肯定因素，因而产生风险。
（3）生产技术：设备事故，产品发生质量问题，新技术的出现等，不好预见，产生风险。
（4）其他：外部的环境变化，如：天灾、经济不景气、通货膨胀、有协作关系的企业没有履行合同等，企业自己不能左右，产生风险。
经营风险使企业的报酬变得不确定。
财务风险是指因借款而增加的风险，是筹资决策带来的风险，也叫筹资风险。
