尽管通过财务报表分析可以基本掌握客户的盈利能力、财务状况和未来的发展趋势，但这种方法仍存在一定的局限性，主要原因如下：
1，会计政策和方法的可选择性，使得财务报表的数据有一定的弹性。会计政策与方法的选择不是偶然现象，它存在于会计核算的各个方面。例如，存货的计价方法，固定资产折旧方法等都有几种选择，而每种选择都会对财务数据造成不同影响。
诚然，选择并不是随意的，会受到某些制约和监督，但在可选择的范围内足以造成的差异也是明显的，这必然会影响财务数据的准确性。这些在以后的分析中会随时提出。
2，人为的某些因素也会影响财务报表的客观性。报表编制者有时为了实现某种目的，会故意掩盖、夸大或缩小某些财务数据，使财务数据不能客观地反映其经营活动的情况。例如，已知应收账款中存在部分坏账，故意不作调整，人为地缩小损失数字。又如有意延长折旧年限，以达到缩小折旧费用、虚增利润的目的。这些都增加了财务报表分析的难度。
3，通货膨胀是现代经济生活中的经常现象，是财务报表分析中的又一个难题。在财务报表分析中均是以历史成本模式编制的财务报表为依据进行的，但在出现通货膨胀、货币本身的价值发生剧烈变动时，如果仍以历史成本模式编制的财务报表为分析基础，那么资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润就难以表现其真实的价值，财务报表分析的质量就会受到影响，甚至导致错误的判断。通货膨胀对一般财务报表造成的影响主要表现在以下几个方面：
（1）低估企业资产价值和折旧支出；
（2）低估产品成本；
（3）夸大真实利润。
（2）低估产品成本；
（3）夸大真实利润。
上述几个方面说明财务报表分析具有一定的难度，需认真加以研究。其防范措施主要有：
1，尽可能保证财务报表资料的真实性和正确性，比如企业的财务报表必须经注册会计师审查验证后方可用来进行分析；
2.尽可能取得较多的会计资料及其他相关分析资料；
3.尽可能取得同行业的有关资料，以便于判断授信客户的经营状况；
4，在进行财务分析时，应特别注意指标的可比性，剔除非正常的、不可比的因素；
5，尽可能消除通货膨胀的影响，将货币的时间价值观念有机地融入分析过程；
6，对授信客户进行实地考察，尽可能多地了解财务报表内看不到的情况。
