根据有关法律、法规的规定，我国知识产权的行政保护由相应的国家及地方的行政机关执行，但大多“分兵把口，各管一面：权出多门，各行其政”。目前主要的知识产权行政机关及其基本分工为：
（1）国家知识产权局：主管专利工作、集成电路布图设计管理工作和统筹协调知识产权、组织国家知识产权战略研究等事宜。
其中国家知识产权局专利局依法承担我国专利申请的审查批准和授予专利权的工作，并处理PCT相关专利国际申请事宜；各地各级政府知识产权局负责本行政区域内的专利管理工作和知识产权工作。专利复审委员会负责专利权复审及无效案件的行政处理。
（2）国家工商行政管理总局：主管商标注册管理和驰名商标保护事宜：处理商标异议、争议案件：查处侵犯商业秘密行为和打假反仿冒等事宜：监督检查其他不正当竞争相关事宜；主管企业名称及商号的登记注册事宜。
国家工商行政管理总局下属的商标局主管注册商标、驰名商标事宜；下属的商标评审委员会主管商标争议案件等；下属的公平交易局主管查处侵犯商业秘密、保护知名商品特有名称、包装、装横权益，打假反仿冒及制止其他不正当竞争行为的相关事宜；下属的企业注册局和外商企业注册局主管国内外企业注册登记事宜和保护企业名称及商号权益。地方工商行政管理机构基本分为省（市）、地（市）、县（市）工商行政管理局及基层工商行政管理所几个层面，其分别管理本行政区城内的相应事宜。
（3）国家版权局：主管著作权包括计算机软件著作权的管理工作。计算机软件著作权的登记由国家版权局指定单位主管。
地方版权行政管理机构目前基本上只设在省（市）一级。各省（市）】版权局（处）主管本行政区城内的著作权管理工作以及相关的著作权登记工作。
（4）农业部/国家林业局：分别主管植物新品种（农业）和植物新品种（林业）行政保护及管理工作。
（5）国家药品监督管理局及地方药监管理部门：主管与药品有关的知识产权的行政保护及管理工作。
（6）海关总署及各地海关：主管与实施知识产权保护边境措施。
（7）国家质量技术监督检验检疫总局：会同国家工商行政管理总局主管打击制造与销售假冒（侵犯知识产权）商品的违法行为的相关工作。
地方各级质监部门主管本行政区城内的打假反仿冒之侵权行为的工作。
（8）国家保护知识产权工作组办公室：设在商务部的国家保护知识产权工作组办公室负责处理对外经济贸易中的知识产权事务，组织全国性的重大打击侵犯知识产权的专项行动等。
