矩阵结构的优点是：机动、灵活，可随项目的开发与结束进行组织或解散；根据项目组织的任务清楚、目的明确、各方面有专长的人都是有备而来；能把自己的工作同整体工作联系在一起，为攻克难关、解决问题而献计献策，由于从各方面抽调来的人员有信任感、荣誉感，使他们增加了责任感，激发了工作热情，促进了项目的实现；加强了不同部门之间的配合和信息交流，克服了直线职能结构中各部门互相脱节的现象；加强了横向联系，专业设备和人员得到了充分利用。
矩阵制的缺点是：项目负责人的责任大于权力，因为参加项目的人员都来自不同部门，隶属关系仍在原单位，所以项目负责人对他们管理困难，没有足够的激励手段与惩治手段，这种人员上的双重管理是矩阵结构的先天缺陷；由于项目组成人员来自各个职能部门，当任务完成以后，仍要回原单位，因而容易产生临时观念与短期行为，对工作有一定影响。
