我们已经知道，组织是由若干个部门或团体组成的。在组织中，部门与部门、团体与团体之间，部门、团体与组织之间，由于各种原因也常常发生冲突。组织理论认为，组织中团体之间的冲突一般有如下几种原因：
1.各团体之间目标上的差异
组织由于分工不同划分成功能不同的各个部门、单位，每个部门、单位在组织设计时就已确定目标，各个目标的组合就构成组织大目标。但在执行过程中，各部门和单位的工作行为常以本单位利益为中心，可能会忽视组织大目标与其他部门和单位的协调，使各部门和单位相互隔绝，致使冲突产生。
2.各团体之间认识上的差异
例如，甲单位的领导认为实施A方案最好，乙单位的领导则认为实施B方案最好，由于彼此认识上的差异，致使两单位意见一时难以协调，有可能引起部门间的冲突。
3.各团体之间的职责权限划分不清
如权力交叉或职责缺漏等。
4.各团体的利益、需要没有获得满足
组织中的部门或单位为了完成各自的任务，总需要一定的资金、原料或人力。而组织领导者一般要从大局考虑，根据该部门或单位对整个组织贡献的大小来分配资源，这就难免造成某些部门没能获得利益满足，可能导致部门或单位之间的指责、争吵甚至攻击。
