由于设计不合理，危机预警系统可能存在各种导致系统失灵的缺陷，系统设计上的缺陷主要表现为三个方面。
(1)危机信号缺乏代表性。这可能是在建立危机预警系统时忽略了这些信号，或者是没有认识到这些危机信号的重要性而没有将这些信号作为系统的感应信号;也可能是系统建立之初不存在这些信号，或者这些信号与危机发生之间的关系并不重要但随着环境的变化，这些信号出现了并成为危机发生的重要信号，而系统却没有根据环境的变化进行动态的更新，系统也就不能感应这些信号;或者环境的变化会使有些原来的危机信号不再是危机的信号，也会使系统面临新的干扰信息和虚假信息，系统如果不能及时更新就可能发出错误的警报。这两个缺陷，前者可以称之为系统设计的静态缺陷，后者可以称为系统设计的动态缺陷。另外，系统对干扰信息和虚假信息的识别能力过低，也会使系统发出错误的警报。系统设计时临界点设置得过低，导致系统对许多虚假的危机威胁发出了警报;临界点设置得过高又会出现系统失灵，导致对真实的危机威胁没有发出警报;系统设计得过于灵敏，对一些微小的信息也能进行有效的放大从而达到临界点，使系统发出错误的警报;系统抵抗人为破坏的能力低，使系统为人为因素所控制而发出错误的警报。因此，临界点的设置应尽量合理可行，避免系统失灵和系统发出错误警报。
(2)系统本身的运行问题，使系统感应到危机信号时无法发出或不能及时发出危机警报。比如说系统感应到危机信号时需要通过复杂的过程才能得出结论，或者是系统的运行效率不高,使系统从感应到信号到发出警报需要经过很长的时间;也可能是系统设计时，各子系统之间或子系统内部存在着相互的不兼容性，使子系统之间或内部不能及时地传递信息，甚至导致信息传递失真。
(3)系统容易发生故障，使系统出现部分痪或完全痪。这可能是为了节约成本采用了低廉的或技术水平低的设备或软件，使系统经常出错。各系统之间的不兼容也会导致系统故障。另外，系统会因为危机的冲击或人为因素而遭到破坏，使系统在危机发生时无法发出警报，因此系统设计时要求其具有防止危机冲击和人为破坏的能力。
