“9·11”后，美国对整个危机处理机制进行了大幅度的调整，成立了以白宫地下掩体为工作地点的“总统紧急应变行动中心”，对中情局、移民局等部门进行改组，成立本土安全办公室并进一步提升为“国土安全部”
1.“国土安全部”的成立
美国国家安全机构逐渐在中情局和国务院内部建立起负责国内安全及反恐怖的特别办公室。里根政府第一任期即将结束时曾设立一个恐怖主义情报特别单位。国务院的“反恐怖主义协调员办公室”负责处理各级反恐怖政策，克林顿第一任期曾计划将其扩编成更大的机构以应付全球性问题。另外，国务院一直呼吁建立一个计算机数据库，以便各驻外使馆能分享信息，查阅那些试图进入美国境内的恐怖组织成员的情况。1995 年，白宫开始考虑出台一个反恐怖主义的总体战略，赋予国家安全委员会更大的权力。
但直到“9·11”事件发生以后，设立一个负责本土或国内安全的专职机构才成为现实。2001 年 10 月，布什总统授命汤姆·里奇协调美国联邦政府的国土安全事务。此前有建议要求建立一个内阁级别的执行部门，负责国土安全工作的实施，布什拒绝了这一建议。他表示，这一设想不合实际，因为政府中已经有如此之多的机构承担着继护国土安全的职能，另设一个执行机构纯属多此一举。
作为替代方案，布什在白宫设立了本土安全办公室，效仿了国家安全委员会的构成，里奇的职责类似于国家安全顾问工作正如总统国家安全事务顾问一样，这一机构没有正式的决策权，里奇无权直接指挥联邦机构的活动，他的工作是监督与协调。与此同时，全美国 50 个州都已设立了国土安全办事处或委员会多个州已通过减少公众人口和加设金属探测器，加强了政府大楼的保安。
里奇很快就完成了本土安全办公室的组建工作，其班子有几10名工作人员，最终将达到 200 人左右。大部分工作人员从各联邦机构中借调而来，对于处理职责范围内的问题拥有丰富的经验。里奇还制定了协调各联邦机构活动的正式程序。该程序围绕11个协调委员会进行，每个委员会承担一项职责，例如法律的实施，事件的处理和边境安全等。早些时候的一项成果是建立了国土安全顾问系统，这一警报系统的任务是发布关于联邦各州地方机构和美国公众面临的恐怖袭击风险的信息。
2002 年6月7日，布什总统宣布将本土安全办公室由跨部委协调单位升格为内阁级大部，即“国土安全部”。美国海关、移民局、海岸警备队、情报部门的一部分业务将交由新成立的国土安全部统一指挥。这个负责本土安全的内阁级部门将主要负责以下工作:分析情报，将政府情报部门搜集来的信息进行综合分析，阻止恐怖袭击;运输和边境安全;紧急情况处理和迅速反应;对抗生化和放射线武器的袭击。白宫发言人称，“这是自1947年以来最大的一个政府改组”
2.联邦查局的改革
2002年5月29日，联邦调查局制定进行底整顿的改革计划，明确该局的最优先任务是保护美国和美国人民免于忍怖主义威胁，希望借此增强人力、任务调控及加强与其他机构的合作提高预防和打击恐怖活动的能力。
联邦调查局的工作重心将由传统的调查犯罪调整为预防大规模犯罪和恐怖主义。为此，联邦调查局将把超过 600 名人力，从有关反毒、暴力犯罪及白领犯罪等方面的刑事调查单位转调到反恐怖部门。根据改组方案，联邦调查局将加强与中央情报局的合作，包括在新成立的“全国联合恐怖主义专案小组”底下设立个“情报办公室”，总部设在华盛顿，由中情局派员管理，加强情报分析工作，并拥有兼含国内外事务的广泛调查权。联邦调查局的反情报部门也将设立一间谍组，监视对美国进行侦察活动的外国间谍。该局反情报策略也将调整为辨认及保护重要外国利益目标。根据计划，联邦调查局将再招收约 900 名新探员，其中大部分将从事反恐怖工作。这样一来，该局将把反恐怖主义部门的探员由“9·11”前的 1000 人增加到2600 人，占该局 11500名现有人力的将近四分之一。反恐怖主义部门也将增设 14 个新单位，拟聘用 900 名语言学家、电脑专家、工程师及科学家，专门负责恐怖主义、科技、世界文化、语言及情报搜集工作。确定十大工作重点:D保护美国免恐怖袭击;2保护美国不受外国情报和间谍活动危害;3保护美国免遭网络袭击，防止高科技犯罪;4在各级公职人员中反腐败;保护公民权利6打击跨国或全国性犯罪组织，D打击主要的白领犯罪，8打击重要暴力犯罪活动;9向美国国内各级执法部门和国际伙伴提供相关支持;@提高科技水平，确保中央情报局的使命得以执行。联邦调查局探员在调查中拥有符合宪法规定的更多权力。这些权力只被用在侦察和阻止恐怖活动上。取消过去对联邦调查局监视的限制，对有效打击恐怖主义是必要且重要的。
